La Biblioteca è di recente costituzione ed ha acquisito l'attuale specializzazione dopo l'emergenza dell'alluvione e la fusione dei laboratori della Fortezza con la sede di Via degli Alfani. Specializzata nel campo della conservazione e restauro delle opere d'arte, comprende alcune sezioni di particolare interesse: aspetti tecnici e scientifici della conservazione delle opere d'arte; chimica, fisica e biologia applicate al restauro; tesi originali degli allievi della Scuola di Alta Formazione in Restauro; marmi, mosaici e pietre dure; arti minori; tecniche artistiche; fonti di storia dell'arte.
Il numero totale dei volumi è di circa 14.000; ci sono circa 300 tesi di diploma rilasciate dalla Scuola di Alta Formazione in Restauro, 150 periodici e 13.000 spogli da riviste e opere miscellanee.
Oltre alla biblioteca l'Istituto offre un servizio di documentazione unico nel suo genere, sono presenti infatti presso la sede di Via degli Alfani l'Archivio dei restauri e l'Archivio storico.